《古剑奇谭二》首次引入了武器升级与灵石镶嵌特色功能，玩家可在游戏中亲自强化武器和装备的属性，为它们附加特殊效果，从而让各位主角更好地进行战斗！
如闻人羽所持的明月枪，是一把江湖常见兵器，但经过锻造，就可以逐步升级为散发着凛冽之气的“日月同辉”。武器升到最高级别后各有各的特色，可以适应不同情况的战斗，对战斗的策略性也有提升的作用。
《古剑奇谭二》武器升级采用“经验值”加特定升级物品的方式来进行。“经验值”分为木、火、土、金、水五种。游戏中的物品都具有一定的五行值，玩家可通过各种物品来提升武器的经验值，达到升级需求时再通过特定物品的辅助即可完成武器升级。
除升级外，游戏装备还可镶嵌灵石来增强实力。灵石镶嵌是用来强化包括武器在内的装备的手段。游戏中通过物品合成系统可以淬炼不同功能的灵石，而淬炼灵石的材料多从怪物掉落的物品中获取。
在装备上镶嵌不同的灵石，就可以让装备获得不同的属性加成和特殊效果。某些装备可以镶嵌多块灵石来获得多种效果，使装备变得异常强大。部分效果强大的灵石会在武器上附加特效，让玩家能直观的感受到武器的进化。
各色武器将在玩家的千锤百炼下更加锋锐难挡。武器将伴随玩家及主角们共同成长，在畅爽的即时战斗中披荆斩棘，一路向前！